簡(jiǎn)化科學(xué)家如何共享數(shù)據(jù)

數(shù)據(jù)通常是科學(xué)的核心–研究人員跟蹤速度，測(cè)量來(lái)自恒星的光，分析心率和膽固醇水平并掃描人腦中的電脈沖。

但是，通常很難與其他科學(xué)家，同行評(píng)審的期刊編輯或資助者共享數(shù)據(jù)。該軟件可能是專有軟件，購(gòu)買(mǎi)價(jià)格過(guò)高。一個(gè)人可能需要多年的培訓(xùn)才能管理和理解該軟件。否則創(chuàng)建軟件的公司可能會(huì)倒閉。

一個(gè)研究小組開(kāi)發(fā)了一個(gè)開(kāi)源數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)，科學(xué)家希望該系統(tǒng)能夠解決所有這些問(wèn)題。研究人員在《PLOS ONE》雜志上概述了他們的系統(tǒng)。

“我們希望創(chuàng)建一種文件格式和數(shù)據(jù)集模型，以封裝我們?cè)趯?shí)驗(yàn)室的所有儀器上處理的大多數(shù)數(shù)據(jù)集，” 俄亥俄州立大學(xué)化學(xué)教授 ，該論文的資深作者Philip Grandinetti說(shuō)。 。“這個(gè)長(zhǎng)期存在的問(wèn)題在科學(xué)家中普遍存在，那就是您購(gòu)買(mǎi)了價(jià)值數(shù)百萬(wàn)美元的儀器，而制造該儀器的公司卻擁有自己的專有格式，這是與其他任何人共享的噩夢(mèng)。”

大型數(shù)據(jù)集很難共享，部分原因是軟件通常是專有的，部分原因是文件通常太大，以至于難以通過(guò)電子郵件或基于云的服務(wù)器共享。即使文件可以導(dǎo)出為可以共享的文件類型，重要的元數(shù)據(jù)(解釋數(shù)據(jù)集實(shí)際內(nèi)容的東西)也經(jīng)常丟失。

他們的系統(tǒng)被Grandinetti及其同事稱為“核心科學(xué)數(shù)據(jù)模型”，旨在輕松共享復(fù)雜的數(shù)據(jù)集，而無(wú)需占用大量帶寬和硬盤(pán)空間的海量文件，并且不會(huì)丟失元數(shù)據(jù)?？紤]一個(gè)包括空氣溫度，氣壓，風(fēng)速和太陽(yáng)通量的數(shù)據(jù)集-該系統(tǒng)可以處理它?；蚩紤]來(lái)自遙遠(yuǎn)星系中恒星的光的測(cè)量結(jié)果和顏色-該系統(tǒng)可以處理它。

Grandinetti說(shuō)：“您需要一個(gè)非常靈活的數(shù)據(jù)集，能夠以一種文件格式保存所有這些內(nèi)容，而又不會(huì)丟失信息。” “所以，我們的想法是創(chuàng)建一個(gè)我們認(rèn)為足夠靈活的模型來(lái)做到這一點(diǎn)。”

俄亥俄州立大學(xué)的團(tuán)隊(duì)與丹麥奧爾胡斯大學(xué)的Thomas Vosegaard教授以及法國(guó)奧爾良大學(xué)的Dominique Massiot博士合作，開(kāi)發(fā)了可以在Mac或PC上運(yùn)行的軟件。 他們將其上載到Web上 并使代碼開(kāi)源(這意味著任何人都可以查看，使用和免費(fèi)下載它。)PLOS ONE的發(fā)布是有意的：該期刊也免費(fèi)提供給任何人。

而且，研究人員希望，該系統(tǒng)可以是一種簡(jiǎn)單，免費(fèi)的方法，可以將多種類型的數(shù)據(jù)組合到一個(gè)位置。

博士后研究員Deepansh Srivastava表示：“我們以科學(xué)家的身份研究多個(gè)數(shù)據(jù)集，而作為一名科學(xué)家本人，我希望能夠從所有這些文件中獲取數(shù)據(jù)，并以一種可以使用的方式將它們放在一起。”在Grandinetti的團(tuán)隊(duì)中。

“如果我們可以簡(jiǎn)單地將其導(dǎo)出為一種文件類型(作為核心科學(xué)數(shù)據(jù)文件類型)，而不是尋找數(shù)據(jù)并將其從數(shù)據(jù)集中提取，我們將能夠在一個(gè)通用系統(tǒng)中工作。”