新方法提高了非結(jié)核分枝桿菌鑒定的準(zhǔn)確性

細(xì)菌屬分枝桿菌具有可疑的榮譽(yù)，包括負(fù)責(zé)兩種最著名的慢性人類傳染?。航Y(jié)核病和麻風(fēng)病的物種。但與他們更為著名的堂兄弟不同，長(zhǎng)期以來一直有效的治療策略，近200種左右的分枝桿菌物種目前正在引起肺病的復(fù)發(fā)。

這些物種統(tǒng)稱為非結(jié)核分枝桿菌(NTM)，廣泛存在于土壤和水中。但是，如果有機(jī)會(huì)，NTM可以在易感患者中引起嚴(yán)重的皮膚和肺部感染。治療NTM感染的最大障礙之一是難以區(qū)分細(xì)菌，特別是在亞種水平。然而，準(zhǔn)確鑒定至關(guān)重要，因?yàn)椴煌奈锓N對(duì)不同的抗生素療法表現(xiàn)出不同程度的反應(yīng)。

為了解決缺乏準(zhǔn)確和敏感的NTM鑒定方法，大阪大學(xué)和琉球大學(xué)的研究小組開發(fā)了基于細(xì)菌基因序列數(shù)據(jù)可靠鑒定NTM的軟件。在本月發(fā)表的新興微生物和感染論文中，研究人員解釋了他們?nèi)绾伍_發(fā)該軟件及其對(duì)治療NTM感染的意義。

“在目前的NTM鑒定方法中，最敏感和最準(zhǔn)確的是基于基因組信息，”作者Shota Nakamura說。“然而，盡管公認(rèn)需要高質(zhì)量的基因組數(shù)據(jù)，允許NTM鑒定到亞種水平，但目前的數(shù)據(jù)庫(kù)只包含148種物種的組裝。因此，在這項(xiàng)研究中，我們對(duì)另外27種物種的基因組進(jìn)行了測(cè)序，并重新測(cè)序了基因組。 36種。“

研究人員利用他們新獲得的序列以及7,484個(gè)先前發(fā)表的基因組裝配，開發(fā)了一個(gè)基于184個(gè)獨(dú)立基因序列鑒定的175個(gè)NTM物種的綜合數(shù)據(jù)庫(kù)。稱為多位點(diǎn)序列分型，可以通過184個(gè)基因內(nèi)的序列差異的特定組合來區(qū)分每個(gè)物種。該數(shù)據(jù)庫(kù)還包括其他分枝桿菌種類用于比較。

“一旦我們組裝了數(shù)據(jù)庫(kù)，我們開發(fā)了名為mlstverse的軟件，它將未知序列與數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比較，從而準(zhǔn)確識(shí)別NTM，”該研究的主要作者Yuki Matsumoto解釋道。“當(dāng)我們將我們的方法與其他方法進(jìn)行比較以鑒定 29種臨床NTM分離株時(shí)，mlstverse是確定所有29種亞種水平的分離株的唯一方法。”

在可能的應(yīng)用是有前途的，武金城，一個(gè)醫(yī)生在琉球大學(xué)醫(yī)院，說：“這種方法可能會(huì)被用來從臨床標(biāo)本鑒定NTM，使靶向治療的實(shí)施和提高治愈率NTM相關(guān)感染“。